20世紀末の現代、高校生の火野ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔(mó )神(shén )」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄(jì )ってしまう。 ヤマトが「魔(mó )神(shén )」によって運ばれた先は1万年前に地殻変動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対(duì )しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折(shé )、ムーの民(mín )と拮抗する勢力であるドラゴニ