20世(shì )紀(jì )末(mò )の現(xiàn )代(dài )、高(gāo )校(xiào )生の火野ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見(jiàn )知(zhī )らぬ女(nǚ )性(xìng )」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前(qián )に地(dì )殻(què )変(biàn )動(dòng )で海(hǎi )に沈(shěn )んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守(shǒu )護(hù )神(shén )こそ、彼(bǐ )を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニ